Au cours des XVI° et XVII°
siècles, la réforme de l’Eglise proposée
par Jean Calvin trouve dans le midi de la France un écho favorable.
Cependant, à partir de 1562, Catholiques et Protestants vont
s’affronter au cours de Guerres de Religion.
Après la défaite
des protestants à Jarnac, l’assassinat de leur chef,
le prince de Condé, en 1569 et la nomination d’Henri
de Bourbon (futur Henri IV) comme chef des protestants, la Paix
de Saint-Germain, signée en 1570 entre le roi Charles IX
et l’amiral Gaspard de Coligny, octroie aux protestants quatre
places fortes, parmi elles : Montauban qui s’entoure alors
d’une enceinte fortifiée.A Montauban, la Réforme
triomphe en 1598 quand Henri de Navarre, le futur Henri IV, fonde
une académie qui attire les étudiants de toute l’Europe
réformée.